チリの麻薬密売人がコロンビアの同業者パブロ・エスコバルに取引を持ちかけた。米国麻薬取締局捜査官スティーブ・マーフィーがコロンビアに到着する。
共産主義ゲリラ集団M-19が、ナルコスに攻撃を仕掛ける。一方、マーフィーは新相棒ペーニャから、コロンビア警察についていろいろと教えてもらう。
エスコバルが密売人であることを暴露して政界進出を阻もうとするマーフィーとペーニャだが、政府の腐敗の深さを目の当たりにすることに。
米国政府が、パブロ逮捕に有利な犯罪者引き渡し条約よりも共産勢力鎮圧に多くの予算を費やすことを決定したため、パブロ逮捕は一層困難を極める。
パブロの過激なやり方のせいで、麻薬組織全体がカリージョ大佐や政府と一触即発の状態に。一方、ペーニャは重要な証人エリサの安全確保に奔走する。
ペーニャとカリージョは逃走中のガチャに接近し、マーフィーは、密売人引き渡し支持派のガビリア大統領候補をパブロの刺客から守るべく護衛に当たる。
政治形勢が不利になったためパブロは一時身を隠すが、すぐに反撃のチャンスを掴む。そんな中、マーフィーとペーニャはやっとCIAの援護を得る。
致命的なミスを犯したことで政府は対パブロ戦略の変更を余儀なくされる。片や、パブロは自らの帝国内部に潜む裏切り者の脅威に直面する。
政府との取引成立後、パブロ追跡劇は終焉したかにみえた。だが、マーフィー、ペーニャとカリ・カルテルには別の企みがあった。
パブロが"刑務所"内でとった行動を受け、政府は強硬手段にでる。その時、マーフィーとペーニャは別の非常事態に遭遇していた。
政府軍が総力を挙げてパブロの行方を追う中、パブロは大胆不敵に脱獄し自宅へと戻る。家族の身を案じるコニーは、夫マーフィーに不安をぶちまける。
大統領が発表したパブロ逮捕協力者への報奨金提供策へ対抗するパブロと、逃亡生活に苛立つ妻のタタ。同じ頃、麻薬取締局に新しい上司が着任する。
ガビリア大統領は昔の同僚に、ある任務を依頼する。特捜隊はパブロの揺さぶりに成功するが、その過激な戦術にマーフィーとペーニャの心は乱れる。
カリ・カルテルはパブロの縄張りへ乗り込む計画を立てる。リモンがマリッツァへある提案を持ちかけていた頃、タタは護身用の銃を手にしていた。
特捜隊の後任が決まるが、ペーニャは組織のあり方に失望する。タタを励まそうと彼女の兄をマイアミから呼び寄せたパブロの元に、悪い知らせが届く。
打倒パブロを掲げる者たちが手を組み、ロス・ぺペスと名乗る自警軍を結成する。タタは、身の安全のため子供と一緒に国外に出るよう兄から諭される。
抗争の激化により、家族へ危険が及ぶことを恐れたパブロは、家族の国外逃亡を画策する。ガビリアは、この計画を逆手に取り優位に立とうとするが…。
大勢の一般市民を巻き込んだテロ攻撃で、国中がパブロへの怒りに包まれる。背水の陣のパブロに、キカの不安は募る。一方のタタは意外な人物に助けられる。
長年離れ離れだった家族と再会するパブロ。ジュディ・モンカダの命が狙われる中、ロス・ぺペスへの対応を巡り、麻薬取締局とCIAが対立する。
ジュディから秘密が漏れ、米国に召喚されたペーニャはコロンビアを離れる。タタは、子供のために一刻も早く投降するようパブロを説得するが…。
ある晩、"カリの紳士たち"と関係者が一堂に会す。カルテルのリーダーが発表した計画は、皆のドギモを抜くものだった。
カリでガス漏れ事件が発生。政府との取引の頓挫を恐れるカルテルは、ホルヘを交渉役に指名。過去のロス・ぺペスとの関りがペーニャにつきまとう。
ロドリゲス兄弟は交渉時に影を潜める。パチョはメキシコの"空の王者"と呼ばれる麻薬王に会いに行く。ペーニャの新DEAチームがカリ入りする。
ペーニャは、カリ・カルテルを牛耳るヒルベルト・ロドリゲスの捕獲計画を内密に進める。アマドはパチョに麻薬ビジネスでの提携話を持ち掛ける。
情報が外部に漏れるのを恐れるミゲルは、カルテル内の警備を強化する。アマドからの提案につてパチョは心を決める。ペーニャは証拠固めに力を入れる。
ホルヘは危険な賭けに出る。ニューヨークでの爆破事故で、チェペの身元が割れる危険が増す。ペーニャは証人を確保するため、キュラソーを訪れる。
次なるカリ・カルテルの大物逮捕を狙うペーニャは新たな隠密作戦を強行。家宅捜索に漕ぎつくが、隠れ場所が見つからないまま時間は刻々と過ぎていく。
ダビドが父親の復讐を誓い、エンリケの命が危険にさらされる。ペーニャは人質を救済するため、メデジンを牛耳るドン・ベルナの力を借りる。
ダビドのホルヘに対する猜疑心はさらに高まる。腐敗しきったコロンビア政府の実態を知り、驚愕するペーニャ。再びミゲル逮捕に向けて動き出す。
ダビドとペーニャは、どちらも我先にパロマリを見つけようと奔走する。ペーニャはその後のキャリアを左右する重大な決断を下す。